A arquitetura bandeirista e decoração rústica aplicada à sede remete ao período da construção, por volta de 1750.

Os primórdios da Fazenda Capoava remontam ao século XVIII, em torno de 1750, como sesmaria doada Coroa Portuguesa para o desenvolvimento do oeste paulista. Era conhecida anteriormente como as terras do Sítio Tanque ou O Tanque, dos descendentes de Felippe de Banderborg e cujas terras passariam depois a formar o sítio de Leonor Garcia de Vasconcellos Noronha, deixado por herança em 1870, com a denominação de Capoava.

Em 1881, a Fazenda Capoava foi vendida para Virgílio Augusto de Araújo e João Guilherme da Costa Aguiar, formou-se a Sociedade Araújo & Aguiar, e mudou sua denominação para Fazenda Japão. O nome foi dado pois à época, ficava longe de tudo. Esta época coincide com a transição do trabalho escravo para a mão de obra dos colonos vindos da Itália.

A produção de café continuou até 1942, quando então começaram a criar gado para corte e leite.

No ano 2000, no entanto, uma parte da área da Fazenda Japão foi vendida e transformada em hotel, retomando assim a sua denominação original do século XVIII, Capoava. A fazenda é de propriedade de Neca Setubal.

O conjunto arquitetônico envolve a casa sede, feita de taipa, à base de argila, comum no período colonial. O casarão possui planta semelhante às casas de tradição bandeirista de Itu, com a parte central ocupada pela sala maior e pela varanda, com uma capela à direita. Suas paredes são grossas, em torno de setenta centímetros de espessura.

Junto ao casarão estão as senzalas dos escravos domésticos, aqueles que executavam as atividades dentro da casa (cozinhar, lavar, servir) e conviviam com os senhores do engenho no século XVIII.

Separado da casa-sede, um pouco distante, estão outras construções cujos tijolos já pertendem a outro período. Eram as moradias/habitações ocupadas pelos colonos italianos que chegaram ao Brasil a partir de 1890 para trabalhar na fazenda.

Além destas edificações, tem também o moinho de café, incluindo a roda d´água que antes gerava a energia para a usina de açúcar. Existe também a trilha Vala dos Escravos, um passeio, canal aberto através de rochas e terrenos, até o curso d'água artificial, construído pelos escravos para o funcionamento de uma máquina de café.

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